Damit eine elektronisch übermittelte Rechnung zum Vorsteuerabzug berechtigt, muss sie entweder mit einer qualifizierten elektronischen Signatur versehen sein oder über das so genannte EDI-Verfahren (Electronic Data Interchange) versendet werden. In beiden Fällen ist die Zustimmung des Kunden zu der Art der Übermittlung der Rechnung erforderlich. Die meisten Onlinehändler beachten diese Voraussetzungen nicht und verschicken E-Rechnungen als 'gewöhnliche' E-Mail, so dass gewerbliche Kunden Probleme mit dem Vorsteuerabzug bekommen können. Darauf weist Sabine Heukrodt Bauer, Rechtsanwältin und Betreiberin des Mustershops www.legalershop.de, hin.

Die qualifizierte elektronische Signatur erfordert das Zertifikat eines Anbieters und wird mit einer Signatureinheit, also einem Lesegerät mit PIN-Karte, hergestellt. Eine einfache E-Mail-Rechnung oder eine Rechnung mit eingescannter Unterschrift erfüllen diese Anforderungen daher bereits technisch nicht. Wird die Rechnung im EDI-Verfahren versandt, fordert das Umsatzsteuergesetz zusätzlich eine zusammenfassende Rechnung, sprich Sammelrechnung, die in Papierform oder in elektronischer Form übermittelt wird und zumindest dann mit einer qualifizierten elektronischen Signatur versehen ist.

Die meisten Händler verschicken ihre Rechnungen noch immer als normale E-Mail und berufen sich dabei auf das EDI Verfahren, obwohl sie mit ihren Kunden gar nicht den dafür erforderlichen Vertrag geschlossen haben oder tatsächlich eine 'Zwischenrechnung' wegen einer einmaligen Bestellung gar nicht vorliegt.